Há muitos anos atrás o belo continente de Hoenn foi palco de uma guerra, onde ambos os lados eram tão poderosos que quase resultou na destruição do continente. A dor, o medo e o ódio foram fincados tão profundamente no interior daquela nobre população que até hoje a maioria das pessoas se recusa a falar no assunto. Uma lei foi criada, e em nenhuma escola deveria ser contado sobre aquele acontecimento durante as aulas de história. Os pais foram proibidos de mencionar o assunto com seus filhos e assim houve paz por quase vinte anos. O continente se reergueu e novamente tornou-se uma das maiores potencias mundiais.
Entretanto, o que a maioria da população não sabia era que aquela guerra trouxe sequelas, oriundas de ações tão horríveis que causariam asco na maioria dos humanos. Uma barreira que deveria ser intransponível foi quebrada e o respeito à vida e a dignidade humana foi esquecido. O clima de Hoenn começava a mudar novamente, o cheiro de medo espalhava-se pelo ar, pokémons fugiam ou tornavam-se agressivos como se pressentissem o grande evento que estava prestes a acontecer. Finalmente o lado escuro havia despertado.